La Asociación de Fundaciones Andaluzas participó en la primera Asamblea anual de la Asociación Fundaciones Navarra que tuvo lugar el 26 de junio de 2013, en Pamplona. En el transcurso de dicha reunión, el director gerente de la AFA, Juan Luis Muños Escassi, junto con el resto de representantes de las asociaciones autonómicas de fundaciones, intervinieron ante el auditorio contando su experiencia, la trayectoria de cada entidad y los objetivos que se plantean estas organizaciones dedicadas a apoyar al sector de las fundaciones.
Antes de la reunión, la Asociación Fundaciones Navarra se integró en el convenio de colaboración que suscribieron la Asociación Extremeña de Fundaciones, la Asociación de Fundaciones Andaluzas, la Confederación Vasca de Fundaciones y la Coordinadora Catalana de Fundaciones el 5 de junio de 2012 en Bizkaia. El objetivo de dicho acuerdo es trabajar conjuntamente por el sector de las fundaciones, favoreciendo alianzas que supongan ahorro de costes para las organizaciones e intercambio de conocimientos y experiencias.
Con la adhesión de la Asociación Fundaciones de Navarra, estas cinco entidades representan a más de mil cien fundaciones en toda España de todos los ámbitos en los que se desarrollan actividades de interés general.
