La Asociación tiene como máximo órgano soberano la Asamblea General, compuesta por todos los asociados a AFA. El órgano permanente de representación, administración y gestión de la Asociación es la Junta Directiva, compuesta por un número máximo de veinticinco miembros, con un mandato de cuatro años, y una Comisión Ejecutiva.
Junta Directiva
Presidente
Don Antonio Pulido Gutiérrez
Vicepresidencia Córdoba
Don Francisco Moreno Crespo
Vicepresidencia Granada
Doña María Elena Martín-Vivaldi Caballero
Vicepresidencia Huelva
Don Antonio de la Vega Jiménez
Vicepresidencia Jaén
Don Andrés Rodríguez González
Vicepresidencia Málaga
Don Francisco Javier Ferrer Morató
Secretario
Doña Auxiliadora López Magdaleno
Vocal
Doña Ana María Manzanares Abasolo
Vocal
Don Francisco José Arteaga Alarcón
Vocal
Don José Antonio Benito Díaz
Vocal
Don Guillaume Duverdier
Vocal
Don Antonio Romero Moreno
Comisión Ejecutiva
Presidente
Don Antonio Pulido Gutiérrez
Vicepresidencia Córdoba
Don Antonio Gala Velasco
Vicepresidencia Granada
Doña María Elena Martín-Vivaldi Caballero
Vicepresidencia Huelva
Don Antonio de la Vega Jiménez
Vicepresidencia Jaén
Don Andrés Rodríguez González
Vicepresidencia Málaga
Don Francisco Javier Ferrer Morató
Fundaciones Constituyentes
Fundación Andalucía Olímpica
Fundación Antares Foro
Fundación Centro de Servicios Empresariales de Andalucía - CSEA
Fundación Cruzcampo
Fundación para el Desarrollo del Sur de Europa
Fundación Infanta María Luisa
Fundación El Monte
Fundación Emasesa
Fundación Focus Abengoa
Fundación Forja XXI
Fundación Itálica de Estudios Clásicos
Fundación José Manuel Lara
Fundación Juan Ramón Jiménez
Fundación CajaGranada
Fundación Legado Andalusí
Fundación Río Tinto
Fundación Rodríguez Acosta
Fundación Escuelas Profesionales de la Sagrada Familia - SAFA
Fundación San Telmo
Fundación Sevillana Endesa
Fundación Unicaja